Początki klubu się sięgają lat 1960-1966. Przy Wydziale Rybackim ówczesnej Wyższej Szkoły Rolniczej założono naukowe koło badań podwodnych. Za twórcę nazwy klubu, a jednocześnie jego pierwszego prezesa, uważa się Romana Białasa – studenta Wydziału Zootechniki, który w roku 1969 wpadł na pomysł założenia „Skorpeny”.
Nazwę „Skorpena” przyjęto od groźnej kolorowej ryby, żyjącej w basenie Morza Śródziemnego. Dzięki wsparciu Marka Michałowskiego przewodniczącego Komisji Turystyki i Sportu Rady Uczelnianej ZSP, klub został zarejestrowany. Dużego wsparcia udzielił klubowi Michał Woźniewski i Zbigniew Uggla, pracownicy naukowi z Wydziału Rybołówstwa Śródlądowego i Ochrony Wód. Od 1972 trwa szkolenie chętnych do uprawiania turystyki podwodnej.
Obecnie „Skorpena” znana jest mieszkańcom Olsztyna przede wszystkim z organizacji największej imprezy płetwonurków w Polsce – wiosennego spływu Łyną – który gromadzi kilkuset uczestników.
Członkowie klubu zarabiają fundusze sprzątając plaże, jeziora, przystanie. Zarobione pieniądze trafiają na konto uczelni, a potem w postaci sprzętu do nurkowania, trafiają z powrotem do kluby.
